محمدجواد ظریف، معاون راهبردی رئیس جمهور در واکنش به تشکیل پرونده برای محسن رنانی، در حساب کاربری خود در شبکه اجتماعی ایکس نوشت:

‏استاد دکتر محسن رنانی یکی از آگاه ترین و دلسوزترین اندیشمندان این مرز و بوم است که با شجاعت و صراحت به منظور پیشگیری و درمان پیش از وقوع فاجعه، به صورت خصوصی و هرگاه ضرورت باشد به شکل عمومی، هشدار می‌دهد. انذارهایش برخاسته از دغدغه‌مندی است و نه برای تشویش اذهان. حضور راهگشا و سازنده ایشان در شورای راهبری یکی از نمونه‌های مشارکت مشفقانه ایشان است.
 
بسیار متاسفم که در هفته‌ای که بناست گفتگوی وفاق ملی با حضور رئیس‌جمهور و اندیشمندان برگزار شود، اخبار ناخوشایندی پیرامون فعالیت‌های روشنگرانه این دانشمند بی‌نظیر و برخی دیگر از دلسوزان ملک و ملت شنیده می‌شود.
 
آنچه از تجربه اندک نیم قرن گذشته‌ام در بررسی روندهای اجتماعی ایران و جهان دریافت کرده‌ام این است که برخورد با اظهارنظر و نقد اندیشمندان مشفق راه را برای تشویش افکار عمومی توسط تندروهای منفعت طلب باز می‌کند. از این رو، امیدوارم با درایت ریاست محترم قوه قضائیه و دستگاه‌های امنیتی استاد دکتر محسن رنانی فعالیت‌های نیک‌اندیشانه خود را ادامه دهد.