بنابر روایت فارس، در حکم صادره توسط سیدکمال خرازی رئیس شورای راهبردی روابط خارجی درباره علی باقری آمده است: با توجه به نظر مقام معظم رهبری مبنی بر عضویت جنابعالی در شورای راهبردی روابط خارجی، بدینوسیله مسئولیت دبیرخانه شورا نیز به جنابعالی سپرده میشود. طبعاً حکم مشاورت آقای عراقچی وزیر امور خارجه به جنابعالی نیز به انجام وظایف دبیرخانه شورا کمک خواهد کرد. توفیق جنابعالی را از درگاه خداوند متعال مسئلت دارد.
سیدعباس عراقچی وزیر امور خارجه دولت چهاردهم چندی پیش مجید تختروانچی را به جای علی باقری عهدهدار معاونت سیاسی وزارت امور خارجه و علی باقری معاون سابق سیاسی وزارت امور خارجه را نیز به عنوان مشاور وزیر امور خارجه منصوب کرد. مقام معظم رهبری اخیراً در حکمی علی باقری را به عضویت در شورای راهبردی راهبردی روابط خارجی منصوب کردند.