روزنامه خراسان نوشت:  این بخشی از اظهارات اخیر سید حسن خمینی با واکنش تند  روزنامه جمهوری اسلامی به مدیرمسئولی مسیح مهاجری همراه شد: «کسی که برای اتباع افغانستانی در حرم امام جلسه می‌گذارد، به این سوال اساسی جواب بدهد که چگونه به خود اجازه می‌دهید نفوذی‌های طالبان با این همه جرم و جنایت و تهدیدهایی را که برای امنیت ملی ایران عزیز به وجود آورده‌اند با فاطمیون که همه ما قدردان آن ها هستیم مقایسه کنید؟» 

روزنامه جمهوری اسلامی بدون نام بردن از سیدحسن خمینی، به صحبت‌های وی درباره مهاجرین افغانستانی حمله کرد و ادامه داد: «چنین فردی چگونه به خود حق می‌دهد سخن حق هشداردهندگان درباره تهدیدهای اتباع غیرمجاز افغانستانی را دروغ بداند و در عین حال از انتساب خود به امام خمینی سخن بگوید؟» 
روزنامه جمهوری اسلامی همچنین سیدحسن خمینی را تهدید کرد و به وی هشدار داد: «خواص، از انگیزه شما برای حمایت از جماعت موردنظرتان جهت گرم کردن بازارتان اطلاع دارند، کاری نکنید که جزئیات آن را به اطلاع عموم برسانند. پرونده تشریفاتی ساختن حرم امام ساده‌زیست، جهت درس گرفتن از روزگار برای شما کافی نیست؟!»
اما این واکنش تند از جهات مختلف دور از انتظار  بود. نخست شاید کمتر کسانی در کشور باشند که در حوزه رسانه و مطبوعات حضور داشته و همزمان در کسوت روحانیت نیز باشند. از این منظر از حجت الاسلام مسیح مهاجری که خود از شمار روحانیون و مبلس به لباس روحانیت  است توقع نمی رفت که  این ادبیات را  نسبت به یک از چهره های شناخته شده کشوری که از قضا هم لباس و هم صنف ایشان است تایید کند.
از دیگر سو کجای اظهارات سید حسن خمینی منافی اندیشه های امام (ره) و یا قانون اساسی جمهوری اسلامی بود . اگر انتقادی به حضور مهاجران غیر قانونی یا رفتار های رادیکال طالبان دارید، کاملا درست است و این سر جای خود؛ اما این دلیل نمی شود که اگر کسی نسبت به حجم تبلیغات دروغین علیه مهاجران افغانی انتقاد کرد شما او را با ادبیاتی تهدید آمیز از او انتقاد کنید.
آقای مهاجری از شما که خود را پیروی اندیشه های امام (ره) می دانید جای تعجب دارد! مگر نه این که بنیان گذار کبیر انقلاب، مرزی برای اسلام نمی شناخت و هر کس که به اسلام ناب محمدی باور داشت او را هموطن خود می دانست، آیا آن مهاجر افغانستانی که به زیارت مرقد امام خمینی (ره) می آید و به روان پاک او عرض ادب می کند؛ باید درب‌های حرم بر روی او بسته شود؟ امیدوارم آن طور که برخی رسانه ها از جمله کیهان مدعی هستند شما جزو آن دسته از اصلاح طلبان رادیکالی نباشید که از اظهارات انقلابی و عقلانی چند وقت اخیر  سید حسن خمینی ناراحت شده اید و حالا دارید این‌گونه از خجالت او در می آیید!  اما همزمان با ایراد سخنان اصولی و قاعده مند سید حسن خمینی چه در موضوع مهاجرین افغانی و چه تحلیل دقیق او درباره تحولات غرب آسیا ، توقع می رفت که حداقل روزنامه جمهوری اسلامی به عنوان یک رسانه اصلاح طلب به حمایت از او بپردازد نه این که این چنین او را به باد نقد بگیرد.