برکناری او در شرایطی اتفاق افتاد که طی دو سال گذشته که دولت رئیسی ریاست پاستور را بر عهده گرفته، همواره شائبه برکناری او وجود داشت. چند ماه قبل نیز در ماجرای اعدام علیرضا اکبری معروف به «ابرجاسوس» شایعاتی مبنی برکناریاش بیش از بیش مطرح شد، اما نقشآفرینی ویژه علی شمخانی در پرونده صلح ایران و عربستان در اسفند سال گذشته، حسن ختامی بر این شایعات بود. با این وجود حالا که شمخانی از سمتاش برکنار شده میتوان سه سناریو را پیرامون آینده سیاسی او مطرح کرد:سناریوی نخست؛ ادامه فعالیت و نقشآفرینی سیاسی با تلاش برای کسب ریاست پارلمان: در صورت علاقه علی شمخانی به باقی ماندن و ادامه فعالیت در میدان سیاست کشور، در دسترسترین حالت برای او، تلاش در راستای ورود به مجلس شورای اسلامی است. این احتمال دور از انتظار نیست که شمخانی با توجه به جایگاه سیاسی ویژه خود، طی ماههای آینده به سمت ایجاد یک ائتلاف انتخاباتی برای حضور پرقدرت درانتخابات مجلس دوازدهم گام بر دارد.
حتی در حداقلیترین حالت شمخانی میتواند با نامزد شده در حوزه انتخاباتی استان خوزستان، وارد مجلس شود. البته ورود شمخانی به بهارستان میتواند با اقدام برای تصدی ریاست قوه مقننه نیز همراه باشد.
سناریو دوم؛ خیر بلند برای تسخیر «پاستور»: فراتر از ورود به مجلس، گام بلندتر شمخانی میتواند خیز بلند برای رقابت بر سر ریاست پاستور باشد. او میتواند در انتخابات ۱۴۰۴ در صورت تایید از سوی شورای نگهبان یکی از رقیبهای جدی برای سید ابراهیم رئیسی باشد. نکته قابل تامل در این بین این است که شمخانی میتواند مورد اجماع میانهورها و حتی مورد حمایت اصلاحطلبان نیز قرار بگیرد. او از این پتانسیل برخوردار است که به عنوان نامزد اصلی جریانهای غیراصولگرای نیز معرفی شود.سناریوی سوم؛ بازنشستگی و ایفای نقشهای مشاورهای: در دسترسترین گزینه برای علی شمخانی بعد از برکناری پذیرش بازنشستگی و ایفای نقشهای مشاورهای در دستگاههای تصمیمگیری امنیتی و نظامی کشور است. به هر حال او بخش بزرگی از حیات خود را با حضور در مناصب کلیدی تصمیمگیری سپری کرده و به نظر میرسد بازنشستگی او نمیتواند به معنای با کنارهگیری کامل از صحنه باشد.با تمام این اوصاف، هر یک از این سناریوها میتوانند قطعی نباشند و در طی زمان تغییر پیدا کنند. برای نمونه شمخانی هم میتواند نیم نگاهی به ریاست مجلس داشته باشد و هم میتواند به ریاست منصب ریاست جمهور نیز چشم بدوزد. یا در حالتی دیگر پس از مقطعی انفعال، حضور مجدد در صحنه را برگزیند.