پس از ملاقات «جنین هنیس پلاسخارت» نماینده ویژه دبیرکل سازمان ملل متحد با ایت الله سیستانی، حسین شریعتمداری مدیر مسئول کیهان به زعم خود یادداشتی نوشت و به این دیدار و موضوعات مطرح شده در آن انتقاد کرد. البته شریعتمداری پیش از این بارها به مراجعی چون آیت الله منتظری و آیت‌الله صانعی هم تاخته بود ولی این بار سعی کرد با زبانی نرمتر با آیت الله سیستانی سخن بگوید؛ آن هم در مورد موضوعی که اصولا شریعتمداری آن را درست نفهمیده بود!

پس از ملاقات «جنین هنیس پلاسخارت» نماینده ویژه دبیرکل سازمان ملل متحد با ایت الله سیستانی، حسین شریعتمداری مدیر مسئول کیهان به زعم خود یادداشتی نوشت و به این دیدار و موضوعات مطرح شده در آن انتقاد کرد. البته شریعتمداری پیش از این بارها به مراجعی چون آیت الله منتظری و آیت‌الله صانعی هم تاخته بود ولی این بار سعی کرد با زبانی نرمتر با آیت الله سیستانی سخن بگوید؛ آن هم در مورد موضوعی که اصولا شریعتمداری آن را درست نفهمیده بود! 
در سرمقاله کیهان آمده بود: «حضرت آیت‌الله سیستانی (دام عزّه) در این دیدار از نماینده ویژه دبیرکل سازمان ملل خواستند که انتخابات پارلمانی عراق تحت نظارت نمایندگانی از سازمان ملل متحد انجام پذیرد! که با عرض پوزش باید به محضر ایشان عرضه داشت این درخواست اولا؛ دون ‌شأن و جایگاه برجسته و قابل احترام حضرت آیت‌الله سیستانی است. در واقع این سازمان ملل است که برای توجیه صلاحیت خود به تائید حضرت ایشان نیاز دارد و ثانیا؛ با جایگاه و منزلت عراق به عنوان یک کشور مستقل که استقلال و آزادگی خود را با ایثارها، از خودگذشتگی‌ها، خون‌دادن‌ها و خون‌دل خوردن‌های مردم شریف و مخصوصا جوانان غیور آن سرزمین مقدس به دست آورده است، همخوانی ندارد. دعوت از سازمان ملل برای نظارت بر انتخابات یک کشور، اعلام ورشکستگی آن کشور، بدبینی به ملت و خوشبینی به بیگانگان است و بدیهی است که این دو مقوله از ساحت‌قدسی حضرت آیت‌الله سیستانی مرجع عالیقدر جهان تشیع به دور است.»
این نوشته کیهان با واکنش دفتر آیت الله سیستانی روبرو شد که توضیح داده بود آنچه شریعتمداری نوشته حاصل توهم خود اوست، نه واقعیت! در توضیح دفتر آیت الله سیستانی آمده بود که موضوع سخن ایشان این بوده که «باید در مراحل مختلف برگزاری آن (انتخابات)، روند شفافیت مراعات شود و نظارت بر آن به صورت جدی و با هماهنگی بخش مربوطه در هیئت سازمان ملل متحد صورت گیرد»؛ ولی بعضی اینگونه برداشت نموده‌اند که حضرت آیت الله سیستانی خواستار نظارت مستقیم سازمان ملل بر انتخابات آینده عراق شده‌اند! واز این درخواست انتقاد نموده اند، در حالیکه بیانیه یاد شده از نظارت بر انتخابات  توسط سازمان ملل سخن نمی‌گوید بلکه ازهماهنگی نظارت با ضوابط  سازمان ملل سخن می‌گوید،  ومعنای آن اینست که نظارت صرفا از سوی عراقی‌ها صورت گیرد ولی ویژگی اشخاص ناظر وضوابط اعمال شده در اجرای انتخابات با ضوابط سازمان ملل همخوان باشد، تا جای هیچگونه اعتراض وایراد از طرف بعضی گروه‌های ذی ربط در صحت انتخابات وجود نداشته باشد.
اما واکنش‌ها به بیانیه دفتر آیت الله سیستانی منحصر نشد و واکنش‌هایی از سوی افراد مختلف در ایران و عراق به این روش ناپسند صورت گرفت. مسیح مهاجری در روزنامه جمهوری اسلامی در واکنش به یادداشت حسین شریعتمداری نوشت:بزرگ‌ترین دشمن استقلال فکری، افراد خودخواه، مستبد، خودبزرگ‌بین و انحصارطلب هستند.
مدیر مسئول جمهوری اسلامی تصریح کرد: افرادی که این چهار ویژگی منفی را در خود جمع کرده‌اند، هرگز چشم دیدن کسانی که قدرت مستقل فکر کردن داشته باشند را ندارند و می‌خواهند تمام افراد تابع آنها باشند و هرگز برخلاف نظر آنها نه نظری بدهند و نه حتی چیزی بفهمند! 
مهاجری در ادامه نوشت: در عراق، تفکر و مشی عملی حضرت آیت‌الله سیستانی، از آغاز تحولاتی که به سقوط صدام و حزب بعث منجر شد، دارای ویژگی‌هائی بود که با آنچه در ایران عمل شد در مواردی تفاوت‌های اساسی داشت. ایشان با تفکر و روش خاص خود، عراق را از دوران حاکمیت حاکم نظامی آمریکائی به سلامت عبور دادند، زمینه را برای قانون اساسی جدید عراق با تکیه بر همین روش به نفع ملت عراق فراهم کردند، اختلافات مذهبی و قومی و فرقه‌ای داخل عراق را با همین روش حل و فصل کردند و تا امروز توانستند عراق را از خطرهای زیادی برهانند. این خدمات بزرگ و تاریخی را این مرجع بزرگ و دوراندیش، بدون آنکه دارای جایگاه قانونی و منصب و مقام خاصی در حاکمیت عراق باشد، انجام داده است و اکنون نیز با تکیه بر روش خاص خود و با توجه به مقتضیات زمان و مکان درصدد عبور دادن بی‌خطر عراق از انتخابات مجلس، دور از طمع‌ورزی‌های آمریکا است. اینکه این مرجع دوراندیش، با تکیه بر نظارت دقیق دستگاه‌های نظارتی خود عراق بر انتخابات با معیارهای بین‌المللی - نه زیرنظر مجامع بین‌المللی - درصدد خلع سلاح آمریکای سلطه‌طلب برآمده، برگ دیگری از شیوه موفق رهبری معنوی ایشان برای نجات عراق از توطئه‌ایست که آمریکا برای این کشور تدارک دیده است. صاحبان قلم و سخن، باید قدر این هوشمندی را بدانند. غیر از این، هرچه باشد، استفاده نادرست از قلمی است که خدا در قرآن کریم با «ن وَالْقَلَمِ وَمَا یَسْطُرُونَ» از آن سخن گفته است.
شهاب‌الدین حائری شیرازی نیز در انتقاد به شریعتمداری که سازمان ملل راظالم معرفی کرده بود، نوشت: جناب شریعتمداری. گر حکم شود که مست گیرند، در شهر هر آنچه هست گیرند.عملکرد خود شما در روزنامه کیهان که افراد را بدون دلیل روشن به جاسوسی متهم می‌کنید تا آنجا که رهبری مجبور می‌شود در خطبه‌های جمعه و دیدار با مسئولان وقت، شما را به رعایت انصاف دعوت نموده و به‌واسطه نسبتهای بی‌دلیلتان به دیگران شما را توبیخ کند مصداق بارز ظلم است.
احمد زیدابادی روزنامه نگار اصلاح طلب نیز در واکنش به نوشته ناپشند کیهان نوشت : آنچه نقد مدیر مسئول کیهان را از یک طرف تناقض‌آمیز و از طرف دیگر بی‌پایه و اساس می‌کند، نوع نگاه و رویکرد خودِ به مسائل است. او از یک سو، موضع عالی‌ترین مرجع شیعی را به صراحت نقد می‌کند اما در همان حال، هیچ حقی برای نقد بسیاری از چهره‌های مذهبی و سیاسی بسیار پایین‌تر از آیت‌ا‌لله سیستانی از سوی دیگران قائل نیست به طوری که هر نقدی را در این زمینه، به اعتبارزدایی از آنها و خدمت به آمریکا و اسرائیل نسبت می‌دهد! واکنش‌های عصبی و تندخویانۀ مدیر مسئول کیهان در برابر نقد مواضع کسانی مانند شیخ احمد جنتی و یا اعضای جامعۀ مدرسین حوزۀ علمیۀ قم، گواه این رفتار تناقض‌آمیز است. او قاعدتا باید پاسخ دهد که چطور نقد مرجعی در حد آیت‌الله سیستانی از سوی خودِ او مباح و مشروع اما نقد مواضع فردی مانند شیخ احمد جنتی از سوی دیگران، در حد کفر ابلیس حرام و ممنوع است؟

واکنش مقامات عراقی 
از سوی دیگربرهم صالح رئیس جمهور، مصطفی کاظمی نخست‌وزیر، محمد الحلبوسی رئیس پارلمان عراق و فائق زیدان، رئیس شورای عالی قضایی عراق که در جلسه‌ای مشترک حاضر بودند، انتقاد از آیت‌الله سیستانی را محکوم کرده‌اند.
شفقنا گزارش کرد که این مقامات اعلام کردند که «هر گونه اهانت به مقام مرجعیت محکوم است و جایگاه رهبری معنوی نزد مردم عراق و مسلمانان و انسانیت محفوظ و معتبر است».
روسای قوای عراق گفته‌اند رهنمودهای آیت‌الله سیستانی در دیدار با نماینده ویژه سازمان ملل در امور عراق «نقشه راهی است که ضامن پایان دادن به بحران‌ها و حرکت به سمت انتخابات زودهنگام، سالم و آزاد» است.
نوری المالکی نخست وزیر پیشین عراق هم با انتشار بیانیه‌ای نوشته توهین به مرجعیت، توهین به همه مردم عراق است. مالکی به تازگی برای دیدار با مقام‌های ایرانی به تهران سفر کرده بود.
مالکی در بیانیه خود نوشته است «یادداشت یک روزنامه در ایران و انتقاد موجود در آن که توهین به مرجعیت عالیقدر است را شدیدا محکوم می‌کنیم، این اقدام توهین به همه مردم عراق به شمار می‌رود».
در این بیانیه آمده «حضرت آیت‌الله سیستانی، مرجع عالیقدر تشیع همواره در خدمت امنیت عراق برای حفاظت از روند سیاسی بوده و در سخت‌ترین شرایط از کشور پشتیبانی کرده است و ایشان مورد حمایت همه طیف‌های ملت عراق قرار دارد».

وزارت خارجه: موضع شریعتمداری ربطی به نظام ندارد
خطیب زاده سخنگوی وزارت خارجه کشورمان هم روز دوشنبه در پاسخ به سوالی در ارتباط با مطلب  شریعتمداری با اشاره به اهمیت  مرجعیت برای مردم ایران و عراق و احترامی که ملت و دولت‌های  دو کشور برای این رکن مهم  قائل هستند، خاطر نشان کرد: آیت الله سیستانی نقش بی‌بدیلی در عراق دارد و دارای جایگاه ویژه ای در بین شیعیان هستند. موضع مطرح شده ربطی به ارکان جمهوری اسلامی ایران ندارد، ما  برای مرجعیت احترام ویژه‌ای قائل هستیم و طبیعی است که تحمل نمی‌کنیم که به  جایگاه مرجعیت خدشه‌ای وارد و به این جایگاه  تخطی شود.
محمدجواد ظریف نیز در توئیتی که به زبان عربی منتشر کرد، نوشت: «حضرت آیت‌الله سیستانی مرجع عالیقدر، دژ مستحکم عراق و سرمایه‌ای برای کل جهان اسلام است. ایران نقش ایشان در برقراری امنیت در عراق و ثبات آن و حفظ حاکمیت و وحدت سرزمینی این کشور و رهایی از قدرت‌های اشغالگر و ساختن عراق جدید براساس انتظارات ملت برادر عراق را ارج می‌نهد.»

شریعتمداری مثلا عذرخواهی کرد!
با توجه به این واکنش‌ها، حسین شریعتمداری بار دیگر دست به قلم شد و نوشت: برداشت اینجانب از نظر حضرت آیت الله سیستانی با آنچه ایشان فرموده بودند همخوانی نداشته است که به خاطر این خطای ناخواسته از محضر معظم له پوزش می‌خواهم و امید آن که عذر تقصیر اینجانب را بپذیرند.
با این حال بازهم نتوانست خودش را کنترل کند و نوشت: برخی از منتقدان، یادداشت نگارنده را توهین آمیز نامیده اند که اتهامی ناروا و به دور از انصاف است چرا که تواضع نسبت به ساحت حضرت آیت الله سیستانی و عرض ادب و ابراز ارادت به ایشان در سطر سطرِ یادداشت یاد شده موج می‌زند! 
به این ترتیب شریعتمداری نشان داد که اصولا توهین را قبول ندارد و اصولا توجهی به نقدهایی که از رفتار ناپسندش شده، ندارد و اگر عذرخواهی هم می‌کند، از سر ناچاری است، نه پشیمانی از آنچه مدیر مسئول روزنامه جمهوری اسلامی آن را خودبزرگ‌بینی و انحصارطلبی می‌داند.