اخیرا سید جواد طباطبایی به سید محمد خاتمی حمله کرده است که چرا در دیدار با اهالی شورای شهر، مدل فدرالی را برای ایران مطرح کرده است و قائل به این شدند که هم نظر و هم مخاطبان نظر و هم صاحب نظر واجد صلاحیت این در مورد دیدگاه فدرالی نیستند و حتی قائل به عذرخواهی از جانب خاتمی شدند.

اخیرا سید جواد طباطبایی به سید محمد خاتمی حمله کرده است که چرا در دیدار با اهالی شورای شهر، مدل فدرالی را برای ایران مطرح کرده است و قائل به این شدند که هم نظر و هم مخاطبان نظر و هم صاحب نظر واجد صلاحیت این در مورد دیدگاه فدرالی نیستند و حتی قائل به عذرخواهی از جانب خاتمی شدند. نکاتی که به عنوان یک اهل علم می توان به صورت روشی به دیدگاه سید جوادطباطبایی - که بیشتر صبغه علمی دارند - داشت موارد ذیل است:
شاید تفکیک دو حوزه" تصمیم سازی" و‌ "تصمیم گیری" نکته مهمی است که می توان روی آن دست گذاشت و اینکه اهل علم و اهل تجربه‌ و‌ سیاست  در حوزه "تصمیم سازی" می توانند نقش داشته باشند و برای تصمیم سازی، هر نظری صلاحیت طرح شدن را دارد و طبعا توان و ظرفیت و قوت و ضعف هر نظر، بعد از نقد و گفتگو روی آن مشخص می شود. البته بعید نیست که سید جواد طباطبایی خود قائل به چنین روشی نباشد چون که رویکرد تخریبی به اهالی علم از جانب ایشان نشان از صاحب صلاحیت هر نظری نیست. البته اینکه کسی حق حرف زدن نداشته باشد خلاف منطق علم است و در منطق قدرت و سیاست قابل معنا است.
شاید اگر بخواهیم قدری با سید جواد طباطبایی همراهی کنیم و البته نه تایید آن، این توضیح باشد که: از آنجا که جامعه ما علمی نیست یعنی منطق علم در آن حاکم نیست و منطق قدرت حاکم است هر حرف و هر اقدامی در راستای منطق قدرت تحلیل می شود. به این صورت که هر نظری و هر اقدامی حتی منتقدان و‌ مخالفان آنها در راستای منطق قدرت است. موضع سید جواد طباطبایی علیه دیدگاه سید محمد خاتمی دیدن و فهمیدن حرف ایشان در راستای منطق قدرت و گفتمان رقیب است که البته حاکم هم نیست. به همین خاطر تقاضای عذرخواهی هم کرده که مبادا این دیدگاه به خواستی سیاسی تبدیل شود که باعث تبعات ناگوار در منطق قدرت و گفتمان حاکم شود و ظاهرا دیدگاه فدرالی را در راستای گفتمان حاکم نمی بینند.
از سید جواد مانندی توقع اظهار نظر در منطق علم می رود که مثلا نتایج منفی نظر، صاحب نظر و مخاطبان نظر = را در وضعیت امروز جامعه ایرانی مطرح کند. اینکه بخواهیم در منطق قدرت دیدگاه یک فرد را با جریان سیاسی منتسب به آن تحلیل کنیم، خوب است ولی ای کاش جریان حزبی حاکم بود و دیدگاه ها بر اساس این رویکرد تحلیل میشد ولی بدون اینکه به بیان اشکالات اصلاح طلبی بپردازیم و کلی گفته شود فساد داشته اند مناسب نیست. کلمه"افسادات" را هم مشخص نکرده اند. یعنی معنای آن را به طور دقیق بیان نکرده اند که چیست و ای کاش به این حوزه هم بپردازند که اشکال جریان اصلاح طلبی چیست. چرا که افساد یعنی منشا و باعث فساد بوده (عمدی یا سهوی) که به نظر لازم است این فسادها ذکر شود.
این نکته هم که‌ چرا خاتمی در جمع اهالی شورای شهر این را هم گفتند جالب است و محل تامل و از نظر علمی جای سوال.
البته در اینکه سید جواد ایران‌دوست هستند و ایرانی فکر میکند تردیدی نیست ولی روش ایشان در مواجهه با اهل علم که در گذشته داشته اند و در اینجا اهل تجربه و سیاست محل سوال است.
این نکات صرفا در ارتباط با موضع سید جواد طباطبایی بود که بحثی روشی بود و حرف در مورد موضع فدرالی و اصلاح طلبی و خاتمی و اصول گرایی زیاد است که در جای خود لازم است به آنها پرداخته شود مشروط به اینکه در منطق علم‌باشد و نه منطق قدرت.