روز ۱ خرداد ۱۳۴۱ با به هم پیوستن سه هیات مذهبی، «جمعیت هیات‌های موتلفه اسلامی» تشکیل شد.

روز ۱ خرداد ۱۳۴۱ با به هم پیوستن سه هیات مذهبی، «جمعیت هیات‌های موتلفه اسلامی» تشکیل شد.
به گزارش ایسنا، «تاریخ ایرانی» در ادامه نوشت: پس از ماجرای تصویب‌نامهٔ لایحهٔ انجمن‌های ایالتی و ولایتی در سال ۱۳۴۱، دو هیات مذهبی از کسبه و تجار بازار تهران تصمیم گرفتند با یکدیگر ائتلاف کنند. سپس یکی دیگر از هیات‌های فعال بازار را نیز مطلع و در ائتلاف خود سهیم کردند. آن‌ها پس از ائتلاف، در یکی از ملاقات‌های مردمی با امام خمینی، ماجرای ائتلاف خود را به اطلاع ایشان رساندند و ایشان نیز ائتلافشان را تأیید کرد. ائتلاف‌کنندگان که بعد‌ها به «هیات‌های مؤتلفهٔ اسلامی» معروف شدند، هیات‌های مسجد امین‌الدوله، مسجد شیخ علی و اصفهانی‌ها در بازار تهران بودند.
این گروه‏‌ها طی جلساتی با هم آشنا شده و با نظر و تصویب امام خمینی، آیت‌الله مرتضی مطهری و چند تن دیگر از شخصیت‏های روحانی، متکفّل هدایت و تغذیه معنوی هیات‏های مؤتلفه اسلامی گردیدند. از حبیب‌الله عسگراولادی مسلمان، حاج صادق امانی، مرتضی نیک‌نژاد، رضا صفارهرندی، مرتضی مطهری، صادق اسلامی، سیداسدالله لاجوردی، مهدی عراقی و علی درخشان در مقام بنیانگذاران اصلی هیات مؤتلفه‌ اسلامی نام برده شده‌ است. گفته می‌شود اساسنامه هیات‌های موتلفه نیز چندی بعد مقطعی توسط آیت‌الله بهشتی تنظیم شد.
سامان دادن اعتصاب‌های سراسری، برپا کردن تظاهرات در شهرهای مختلف، تکثیر و توزیع نوشته‌ها، بیانیه‌ها و نوارهای صوتی امام خمینی که در نجف و سپس در پاریس در تبعید به سر می‌برد، از مهم‌ترین فعالیت‌های سیاسی این جمعیت در سال‌های پیش از انقلاب بود.
هیات‌های مؤتلفه اسلامی، در میان گروه‌های مبارز پیش از انقلاب، تنها تشکل و گروهی بود که از‌‌‌ همان ابتدا فعالیت‌های سیاسی ـ مذهبی خود را حول محور امام خمینی و مبارزه با استبداد پهلوی متمرکز کرد. الگوی رفتاری و فکری هیات‌های مؤتلفه‌ اسلامی، بیش از هر چیز منبعث از گروه فداییان اسلام به رهبری نواب صفوی بود چنان که حتی برخی از اعضای موتلفه از جمله شهید مهدی عراقی، از جمله فعالین جمعیت فداییان اسلام به حساب می‌آمدند و متناسب با شرایط و اوضاع و احوال سیاسی ـ اجتماعی رژیم، اقدامات متفاوتی در دستور کار قرار می‌دادند.
هر چند رویکرد فرهنگی ـ مذهبی موتلفه در ابتدا بر دیگر وجوه فعالیت این تشکل سایه افکنده بود اما به ویژه بعد از دستگیری و تبعید امام به ترکیه، برخی از اعضای مؤتلفه برای پیشبرد اهداف خویش با تغییر در روش مبارزه به تشکیل شاخه نظامی و اتخاذ خط مشی مسلحانه گرایش پیدا کردند، هر چند این رویه با مخالفت امام مواجه شد. با این وجود طرح مساله‌ انجمن‌های ایالتی و ولایتی و نیز کاپیتولاسیون در مجلس شورای ملی و سپس تصویب آن به دست حسنعلی منصور، نخست وزیر وقت، ائتلاف میان بازاریان ناراضی و روحانیان مخالف دولت را تقویت کرد. این چنین بود که پس از سخنرانی شدیداللحن امام درباره‌ تصویب این قانون، محمد بخارایی، عضو شاخه نظامی جمعیت هیات‌های مؤتلفه‌ اسلامی، حسنعلی منصور را - به فتوای «شورای روحانیت» - در اول بهمن‌ماه ۱۳۴۳ در برابر مجلس شورای ملی ترور کرد.
بعد از این اقدام و با دستگیری اعضای اصلی و زندانی کردن آن‌ها، برخی اعضای مؤتلفه که بیرون از زندان بودند یا بعد از مدتی از زندان آزاد شده بودند، با سازمان مجاهدین خلق (قبل از انشعاب) به همکاری پرداختند. در ارتباط با ترور منصور در سال ۴۴ چهار نفر از اعضای موتلفه اعدام شدند و شش نفر دیگر به زندان ابد محکوم شدند.
اعضای موتلفه در پوشش فعالیت‌های فرهنگی ـ مذهبی از جمله تأسیس مکتب تحقیقات و تبلیغات صادقیه، بنیاد رفاه و تعاون، مدرسهٔ رفاه، شرکت سبزه، شرکت صحرا، شرکت فیلم در خدمت دین و... تا تشکیل ستاد استقبال از امام به فعالیت‌های سیاسی و فرهنگی خود ادامه دادند. در این ستاد افرادی همچون عسگراولادی، بادامچیان، عراقی، شفیق، توکلی بینا، رخ‌صفت، سعید محمدی، اسلامی، مقصودی و... از موتلفه حضور جدی داشتند.
بعد از پیروی انقلاب اغلب اعضای جمعیت مؤتلفه، جذب حزب جمهوری اسلامی شدند اما در پی تعطیلی حزب جمهوری اسلامی در سال ۱۳۶۵، این جمعیت، تجدید سازمان سیاسی کرد و با هویت سیاسی نوینی وارد معادلات و رقابت‌های گروهی در درون ساختار جمهوری اسلامی شد. به ویژه در دهه‌ نخست جمهوری اسلامی، مؤتلفه‌ اسلامی، به اصلی‌ترین گروه «جناح راست» در ایران تبدیل شد. این گروه، در زمینه‌ سیاسی دولتگرا ولی از نظر اقتصادی مخالف کنترل کامل وزارت بازرگانی و وزارت اقتصاد و دارایی بر همه‌ فعالیت‌های تجاری و مبادلات اقتصادی است.
موتلفه پس از انقلاب اولویت خاصی را برای خود نسبت به سایر گروه‌های فعال سیاسی قائل بود و علت را در سابقه مبارزه علیه شاه و نزدیک دانستن خود به امام خمینی، حوزه و روحانیت می‌دانست. جمعیت هیات‌های مؤتلفه‌ اسلامی که در دی ‌ماه سال ۱۳۸۲ به «حزب مؤتلفه‌ اسلامی» تغییر نام داد، در مرامنامه‌ خود آورده است: «مؤتلفه‌ اسلامی، توانست برای اولین بار در تاریخ معاصر ایران، تشکلی سیاسی-عقیدتی، تحت رهبری ولی فقیه عادل زمان و مرجع تقلید و تحت نظارت و هدایت شورای روحانیت و به دور از الگو پذیری‌ از سازمان‌ها و احزاب شرقی و غربی پدید آورد و شعار «مقلد» بودن به معنای واقعی و اصیل را مطرح سازد.»
حبیب‌الله عسگراولادی مسلمان، نماینده‌ رهبر انقلاب در کمیته‌ امداد امام خمینی، برای چند دهه رهبری این گروه را به دست داشت تا اینکه در سال ۱۳۸۲، همراه با بخشی از دگرگونی‌های جزیی در ساختار تشکیلاتی، وی از این سمت کناره‌گیری کرد و به جای وی محمدنبی حبیبی، شهردار پیشین تهران، دبیرکل حزب مؤتلفه‌ اسلامی شد.