یکی از مسائلی که بودجه را به مقوله‌ای سیاسی تبدیل می‌کند اختصاص اعتبارات به دستگاه‌هایی است که ذاتا سیاسی‌اند.

مثلا در روزهای اخیر فهرستی منتشر شده که در آن اعداد و ارقامی برای بودجه 1404 به برخی نهادهای فرهنگی اختصاص یافته که به ‌شدت محل مناقشه است. از جمله این نهادها دستگاه‌هایی است که به امور دینی اشتغال دارند. حوزه‌های علمیه، موسسه آموزشی متعلق به مرحوم آیت‌الله مصباح و...  از آن  جمله‌اند.

روزنامه اعتماد نوشت: واقعیت آن است که سرجمع این عدد و ر قم‌ها در مقایسه با کل رقم بودجه، قابل اعتنا نیست اما چون آفت نگاه سیاسی متوجه آن می‌شود به سوژه بحث برانگیز تبدیل می‌گردد.

پیش از انقلاب نهادهای حوزوی به لحاظ منابع مالی کاملا به مردم وابسته بود و افراد متمول از طریق پرداخت خمس، هزینه حوزه‌های علمیه را پرداخت و اداره مساجد و تکایا و هیئات  را  نیز تامین  می‌کردند.
روشن است که پس از انقلاب، به دلیل گستردگی نقش دین در سیاست، امکان نداشت هزینه نهادهای دینی به روال پیش از انقلاب باشد و از همین جا وابستگی نهادهای دینی به بودجه دولت آغاز شد و  روحانیت شیعه (البته نه همه آن و بلکه بخش تشکیلاتی‌اش)  به بودجه عمومی وابسته شد و مگر جز این است که نتیجه این فرآیند، سیاسی شدن بودجه دست‌کم در این مورد  شده؟

هویت تاریخی و اجتماعی مراکز فقهی و حوزه‌های علمیه که همه افتخارش به استقلالش بود و امثال مرتضی مطهری و علی شریعتی و مهدی بازرگان در تحلیل ساختار نظام حوزوی به آن فخر می‌فروختند ، در چنین فرآیندی تضعیف شد .