حضور شمخانی در گره‌گشایی از معادلات پیچیده منطقه‌ای این شائبه را ایجاد کرده که عملکرد وزارت امور خارجه احتمالا قابل قبول نبوده که تصمیم گرفته‌اند مذاکرات با کشورهای منطقه را با شمخانی به‌عنوان یک سیاستمدار کهنه‌کار پیش ببرند.

به گزارش مردم سالاری آنلاین، آرمان ملی در یادداشتی به انتقاد از عملکرد وزارت خارجه دولت ابراهیم رئیسی پرداخت و نوشت: 
از زمانی‌که تندروها به سفارت عربستان در تهران و مشهد حمله کردند و رابطه ایران و عربستان قطع شد رابطه ایران و بحرین، کویت و امارات متحده‌عربی نیز به سردی گرایید و اگرچه به‌صورت رسمی اعلام نمی‌شد، اما در عمل رابطه جدی بین این کشورها وجود نداشت. در عالم سیاست و در عرف بین‌الملل چنین سفرهایی را وزیر امورخارجه انجام می‌دهد و توافقات منطقه‌ای و بین‌المللی نیز توسط وزیر امور خارجه امضا می‌شود. با این وجود حضور شمخانی در گره‌گشایی از معادلات پیچیده منطقه‌ای این شائبه را ایجاد کرده که عملکرد وزارت امور خارجه احتمالا قابل قبول نبوده که تصمیم گرفته‌اند مذاکرات با کشورهای منطقه را با شمخانی به‌عنوان یک سیاستمدار کهنه‌کار پیش ببرند.
حتی اگر به گفته امیرعبداللهیان اختلافی نیز بین شورای‌عالی امنیت ملی و وزارت امورخارجه وجود ندارد و همه‌چیز با مدیریت رئیس‌جمهور و هماهنگی وزارت امور خارجه صورت می‌گیرد، اما در عمل جایگاه وزارت امور خارجه با این اتفاقات تحت‌تأثیر قرار گرفته است.
اگر شرایط کنونی را با دوران وزارت محمدجواد ظریف در وزارت خارجه  مقایسه کنیم قطعا ظریف نماینده ایران در این مذاکرات بود و ویژگی‌های شخصیتی وی اجازه نمی‌داد شخص یا نهاد دیگری با موازی‌کاری وظایف وزارت امور خارجه را انجام بدهد. در نتیجه به‌نظر می‌رسد  تیم وزارت خارجه نتوانسته عملکردی از خود نشان بدهد که چنین مأموریت‌های مهمی را به آنها واگذار کنند.
اگر این موضوع واقعیت داشته باشد دولت با سه مانع مواجه است؛ نخست اینکه رئیسی به‌خوبی می‌داند که وزارت امور خارجه یکی از ویترین‌های اصلی دولت وی است و تغییر امیرعبداللهیان به‌عنوان یک اصولگرا که نزدیکی‌های زیادی با رویکرد جبهه پایداری دارد دولت وی را زیر ضربه انتقادهای شدید آنها خواهد برد. اتفاقی که در شرایط سخت اقتصادی امروز ایران می‌تواند به پایگاه اجتماعی دولت ضربه وارد کند. دوم اینکه در اطراف رئیسی جایگزین توانمندتری نیز وجود ندارد که بتواند جای امیرعبداللهیان را بگیرد. به همین دلیل باید به نیروهای گفتمان‌های دیگر توجه داشته باشد. سوم اینکه دولت، تبلیغات زیادی روی دستاوردهای سیاست خارجی خود به‌خصوص در زمینه مسائل منطقه‌ای انجام داده و به همین دلیل تغییر امیرعبداللهیان می‌تواند این تبلیغات را تحت‌تأثیر قرار بدهد.
در چنین شرایطی است که امیر عبداللهیان برای در امان ماندن کلیت دولت از انتقادها همچنان در سمت خود به کار ادامه می‌دهد، اما علی شمخانی مأموریت‌های مهم منطقه‌ای را انجام می‌دهد. از سوی دیگر سفر شمخانی به امارات و عراق و همچنین امضای وی پای توافق ایران و عربستان نشان می‌دهد که این نظام است که در این زمینه تصمیم‌گیری می‌کند و نه دولت. این موضوع نشان می‌دهد که با توجه به شرایط کشور تصمیماتی در نظام گرفته شده که توسط اتاق فکرهایی در رده بالاتر از دولت اتخاذ شده و دولت می‌بایست آنها را اجرا کند.
به‌هرحال شورای‌عالی امنیت ملی بیش از آنکه یک نهاد دولتی باشد یک نهاد حاکمیتی است و حمایت حاکمیت را با خود دارد. به همین دلیل می‌بایست این نکته را در تحلیل اتفاقات اخیر پیرامون شورای‌عالی امنیت ملی و وزارت امور خارجه در نظر گرفت.