فلفل برای مشکلات گوارشی از جمله گاز روده، درد معده و اسهال استفاده می شود.

به گزارش مردم سالاری آنلاین،سایر کاربردهای فلفل عبارت است از: تسکین دندان درد، دریازدگی، اعتیاد به الکل، مالاریا و تب است. همچنین برای کمک به افرادی که مشکل بلع دارند استفاده می شود.
مصرف موضعی فلفل برای درد ناشی از زونا، استئوآرتریت، آرتریت روماتوئید، و فیبرومیالژیا همچنین برای درد عصب (نوروپاتی) مرتبط با دیابت و انواع دردهای عصبی (نورالژی)، و کمر درد بکار برده می شود.. در کمبود جریان خون محیطی و بصورت موضعی در درمان دردهای عصبی شامل دردهای روماتیسمی و سرمازدگی بکار می‌رود.
کاپسیکوم(فلفل) یک نوروپپتید فعال است که ساخت، ذخیره، انتقال و آزاد شدن ماده P را تحت تأثیر قرار می‌دهد. این دارو با تخلیه ماده P و ممانعت از تجمع مجدد آن در اعصاب حسی محیطی، پوست و مفاصل را نسبت به درد غیر حساس می‌نماید.
کاپسایسین موجود در گیاه سبب تحریک متابولیسم چربی از بافت ذخیره‌ای می‌گردد و همچنین دو آنزیم کبد G6PD و لیپوپروتئین لیپاز را فعال می‌کند. اولئورزین کاپسیکوم باعث کاهش کلسترول و تری گلیسرید خون و مهار تجمع کلسترول و تری گلیسرید در کبد و آئورت جربیل تحت تغذیه غذای پرچرب شده است.
احتیاط مصرف: محرک غشاء مخاطی است و تنفس آن سبب واکنشهای آلرژیک می‌شود. مصرف خوراکی زیاد آن باعث آسیب کلیوی، کبدی و گوارشی می‌شود با داروهای مهار کننده MAO و کاهش دهنده‌های فشار خون، بدلیل افزایش آزادسازی کاتکول آمینها تداخل دارد و سبب افزایش متابولیسم داروها می‌گردد.
منع مصرف: کاپسیکوم روی نواحی ترک خورده یا ملتهب پوست، مگر تحت شرایط ویژه، و در نوزادان و اطفال زیر دو سال، مگر تحت نظر پزشک ، نباید مصرف شود.