جت الاسلام و المسلمین سید محمد خاتمی در پیامی با تسلیت فاجعه قطار مشهد-یزد نوشت: می‌گویند حادثه خبر نمی‌کند، ولی مارا چه شده ‌است که باید هر بام و شام خبر از حادثه‌ای وحشتناک بشنویم که حاصل تلخ آن از دست رفتن جان‌ها و آسیب دیدن جسم‌ها و روان‌ها و خسارت‌های فراوان است. اگر دلسوزی توأم با تدبیر در راه بردن امور جامعه باشد از تعداد این حادثه‌های هول انگیز و زیان های مادی و معنوی آن کاسته نخواهد شد؟

به گزارش جماران؛ متن پیام حجت الاسلام و المسلمین سید محمد خاتمی بدین شرح است:
 
بسم‌الله الرحمن الرحیم
می‌گویند حادثه خبر نمی‌کند، ولی مارا چه شده ‌است که باید هر بام و شام خبر از حادثه‌ای وحشتناک بشنویم که حاصل تلخ آن از دست رفتن جان‌ها و آسیب دیدن جسم‌ها و روان‌ها و خسارت‌های فراوان است.
اگر دلسوزی توأم با تدبیر در راه بردن امور جامعه باشد از تعداد این حادثه‌های هول انگیز و زیان های مادی و معنوی آن کاسته نخواهد شد؟
با اندوه فراوان از فاجعه‌ی اخیر که در اثر سانحه‌ی قطار مشهد-یزد پیش آمد تأسف بی‌حد خود را ابراز می‌دارم و از پیشگاه حضرت پروردگار برای جان‌باختگان عزیز رحمت و آمرزش و آرامش و برای آسیب دیدگان شفای عاجل و برای خاندان‌ها و بستگان وابسته صبر و سلامتی و پاداش نیکو مسئلت می‌کنم.
سید محمد خاتمی
۱۴۰۱/۳/۱۸