امیرکبیر در ۲۸ مهرماه سال ۱۲۲۷ به عنوان صدراعظم ایران منصوب شد. او طی شش‌ماه بعد از این انتصاب، یکسره مشغول سرکوب شورش‌ها و بی‌نظمی‌های حاکم بر کشور بود؛ با این حال، این دلمشغولی‌ها، او را از امور مهم مملکتی که بهداشت و درمان در رأس آن قرار داشت، غافل نمی‌کرد.

امیرکبیر در ۲۸ مهرماه سال ۱۲۲۷ به عنوان صدراعظم ایران منصوب شد. او طی شش‌ماه بعد از این انتصاب، یکسره مشغول سرکوب شورش‌ها و بی‌نظمی‌های حاکم بر کشور بود؛ با این حال، این دلمشغولی‌ها، او را از امور مهم مملکتی که بهداشت و درمان در رأس آن قرار داشت، غافل نمی‌کرد.
یکی از بیماری‌های شایع و همه‌گیر که سالانه جان بسیاری از ایرانیان را می‌گرفت و گروه انبوهی را هم به معلولیت دچار می‌کرد، بیماری مهلک آبله بود. اطبای ایرانی در دوره امیرکبیر، با موضوع پیشگیری از بیماری آبله، با استفاده از فن واکسیناسیون آشنا بودند. نخستین‌بار، در دوره فتحعلی‌شاه واکسیناسیون از طریق پزشکان انگلیسی مشغول به خدمت در قشون ایران، وارد کشور شد و با دستور عباس‌میرزا، ولیعهد فتحعلی‌شاه، دکتر ویلیام کورمیک، پزشک مخصوص و انگلیسی‌تبار عباس‌میرزا از سوی وی مأموریت یافت تا رساله‌ای درباب مسئله واکسیناسیون یا به‎قول اطبای آن دوره، «مایه‌کوبی» بنویسد. این اقدام، هم واسطه آشنایی پزشکان ایرانی با مقوله واکسیناسیون شد و هم برخی سیاستمداران ایرانی، نظیر محمدعلی میرزا دولتشاه، برادر عباس‌میرزا و حاکم منطقه غرب ایران را به استفاده از این روش برای جلوگیری از شیوع بیماری واداشت؛ با این حال، مجری این طرح‌ها، اطبای ایرانی نبودند؛ هم واکسن و هم شخص «مایه‌کوب» که کار واکسیناسیون را انجام می‌داد، خارجی و عموما از انگلیس بودند. به همین دلیل، امیرکبیر نمی‌توانست به آن‎ها اعتماد کند؛ به‎ویژه این‌که در ماجرای مرگ مشکوک عباس‌میرزا در مشهد، ویلیام کورمیک یکی از متهمان محسوب می‌شد و بعدها، با انتشار کتاب ادوارد براون (موادی برای مطالعه تاریخ جنبش بابیه در ایران) درباره اسناد مربوط به فرقه بابیه، معلوم شد که کورمیک، کاملاً در مسیر سیاست‌های انگلیس گام برمی‌داشت و اعتماد به او و هموطنانش، خبطی بزرگ بود.
امیرکبیر تصمیم گرفت مشکل را با اتکا به توانمندی‌های داخلی حل کند. به این ترتیب، در شماره سوم روزنامه «وقایع اتفاقیه»، به تاریخ جمعه، ۱۹ ربیع‌الثانی ۱۲۶۷ (اول اردیبهشت‌ماه سال ۱۲۳۰)، فرمان تولید واکسن داخلی و واکسیناسیون ایرانیان با این واکسن را صادر کرد. او در اطلاعیه خود به مشکلات ناشی از این بیماری پرداخت و نوشت: «در ممالک محروسه ناخوشی آبله عمومی است که اطفال را عارض می‌شود که اکثری را هلاک می‌کند، یا کور و معیوب می‌شوند ... اطبا چاره این ناخوشی را به این‌طور یافته‌اند که در طفولیت از گاو آبله برمی‌دارند و به طفل می‌کوبند و آن طفل چند دانه آبله بیرون می‌آورد و بی‌زحمت خوب می‌شود.» آنگاه مژده می‌دهد: «اولیای دولت علیّه کسان برای یادگرفتن این فن شریف گماشته‌اند که بعد از آموختن به جمیع ممالک محروسه مأمور نمایند که در هر ولایتی جمیع اطفال خود را مردم بیاورند و آبله‌شان را بکوبند و از تشویش هلاکت و عیب آسوده گردند.»
امیر پیشنهاد برخی از درباریان را برای کمک‌گرفتن از خارجی‌ها برای انجام این کار رد کرد. فریدون آدمیت در کتاب «امیرکبیر و ایران» آورده‌ است که امیر اعتقاد داشت برای حل مشکلات ایران، ایرانی از هر کسی اصلح‌تر است. برای دستیابی به فناوری، امیر معطل مرحمت انگلیسی‌ها نشد. به مسیو داودخان، نماینده خود در اروپا دستور داد کتاب‌هایی در این زمینه تهیه و ارسال کند؛ جالب این‌جاست که این مکتوبات، عموماً انگلیسی بود؛ چون واکسن آبله، نخستین بار توسط ادوارد جنر انگلیسی، در سال ۱۷۹۶م/ ۱۱۷۵ش، یعنی حدود ۵۵ سال قبل از فرمان واکسیناسیون امیرکبیر تولید شده بود.
ادوارد پولاک، پزشک انگلیسی که در اواخر دوران صدارت امیرکبیر به ایران آمد، در کتاب «خاطرات» خود می‌نویسد: «چون امیر به افزایش جمعیت علاقه‌مند بود، علیه بیماری آبله کارها کرد. مایه‌کوبی را در سرتاسر ایران مرسوم ساخت، دستور داد رساله‌ای در باب تولید مایه از زبان انگلیسی به فارسی ترجمه و منتشر کنند و بعد نسبت به تربیت افراد توانمند در این عرصه اقدام کرد؛ آن‌ها را به تعداد کافی و با حقوق مکفی به ولایات فرستاد و حتی گروهی از آن‌ها در مرزها هم مستقر شدند تا اتباع خارجی تازه وارد به کشور را مایه بکوبند.»