وی پس از بازگشت به ایران، از آغاز بنیاد دانشگاه تهران در سال ۱۳۱۳ به استادی دانشگاه برگزیده شد و در سال ۱۳۱۷ به عضویت فرهنگستان ایران انتخاب شد، اما بارها مخالفت صریح خود را با نحوه کار فرهنگستان اعلام کرد. او آنگاه به بنیاد نهادن انجمن نشر آثار ایران کوشید که نشر متون کهن فارسی را در نظر داشت و در سال ۱۳۲۸ در حالی که از تعطیل اجباری مجله یادگار آزرده‌خاطر بود، با سمت رایزن فرهنگی ایران در ترکیه به آنکارا رفت. اقبال در بهار ۱۳۳۳ در کنگره هزاره ابن‌سینا در تهران حضور یافت و سخنرانی او مورد توجه قرارگرفت.
شاهنامه «وولوس» آلمانی به انگیزه‌ی جشن هزاره‌ی فردوسی، به وسیله‌ی بنیاد شاهنامه فردوسی در ده مجلد و همچنین با دیباچه‌ی شادروان دکترعباس اقبال آشتیانی به وسیله‌ی کتابخانه‌ی بروخیم (تهران) کامل و منتشر گشت و از آن پس به شاهنامه‌ی نسخه‌ی تهران یا بروخیم نامدار است.
وی در طی سال‌های فعالیت نویسندگی‌اش تعداد پرشماری مقاله در زمینه‌های ادبی، تاریخی و اجتماعی از خود به یادگار نهاد. این مقاله‌ها در مجله‌هایی چون بهار، دانشکده، مهر، ایرانشهر، ارمغان، یغما، فروغ و تربیت انتشار یافت.
خود او مجله یادگار را بنیاد کرد و به مدت پنج سال از ۱۳۲۳ تا ۱۳۲۸ انتشار داد که در میان انگشت‌شمار نشریات ادبی و تاریخی آن زمان کاملاً متمایز بود. او را بنیان‌گذار مقاله‌نویسی به معنی فنی آن در ایران دانسته‌اند.
عباس اقبال آشتیانی در حالی که متصدی سمت رایزنی فرهنگی ایران در ایتالیا بود؛ ۲۱ بهمن‌ماه ۱۳۳۴ در ۵۹ سالگی درگذشت.
برخی از آثار: قابوس وشمگیر زیاری، شرح حال عبدالله بن مقفع، ترجمه یادداشت‌های ژنرال تره‌زل، تاریخ مفصل ایران از استیلای مغول تا اعلان مشروطیت، تاریخ اکتشافات جغرافیایی و تاریخ علم جغرافیا، تصحیح لغت فرس.