سیدجمال متهم بود میرزا را به قتل ناصرالدین‌شاه ترغیب کرده است؛ اتهامی که سید را در معرض تحویل به ایران قرار داد. سه یارش، میرزاآقاخان کرمانی، شیخاحمد روحی و خبیرالملک، به این اتهام تحویل دولت ایران داده شده و پایانی خونبار یافتند. سیدجمال هم در بیم سرنوشت مشابه یاران، بیماریاش (سرطان فک) که چندی مبتلایش بود، تشدید شد. بدین ترتیب روشنفکری که بسیاری از روشنفکران و مصلحان ایرانی از طیفهای گوناگون تبار خود را به او میرسانند، در فرجامی تراژیک از دنیا رفت.
روزنامه اعتماد نوشت: «سیدجمالالدین اسدآبادی از معدود شخصیتهایی است که میراثدارانش را طیفهای گوناگون تشکیل میدهند. همچنین میراثش در جهان اسلام پیروان فراوانی دارد؛ به طوری که در تاریخ معاصر ایران تنها شخصیتی است که درباره ملیتش مدعی دارد. سیدجمال روشنفکری بود که خاستگاه دینی داشت اما در مسیر دیگرشدن کوشید. در سفرهایی که گاه به اجبار و در حکم تبعید بود، شرق و غرب جهان اسلام را دید. به چشم مصایب مسلمانان را نظاره کرد و از نتایج استعمار در مصر و هند آگاه شد. به بیداری ملل شرق معتقد گردید و درنهایت به ویرانگری استبداد در سرزمین پدریاش پی برد. سید روشنفکری بود که تجربه میکرد. در این تجربهها گاه رویکردهایی متناقض داشت؛ به طوری که برخی حضورش در بعضی مجامع را دلیلی برای تردید در اهداف و افکارش گرفتهاند. این تناقضها اما از اهمیت و بزرگی کارش نکاست. سیدجمال مرد عمل و قلم بود. در نقاطی که اقامت داشت، علاوه بر ارتباط با حاکمان، با تدریس و نوشتن کتاب و قلم زدن در روزنامهها با نخبگان خارج از حصار قصرهای حاکمان مرتبط میشد. به جز مقالاتش در روزنامههای گوناگون، نشریه عروهالوثقی مهم‌ترین یادگار او در عرصه روزنامهنگاری است.
در این میان، سید در زادگاهش، ایران، با مشکلات بیشتری مواجه بود. مخالفانش تنها درون دربار نبودند که در خارج از دربار هم مخالفان بسیار داشت. چنانچه با حربه تکفیر به جنگش آمدند. ناصرالدین‌شاه اگرچه ابتدا با خیالات او همراهی نشان داد اما نهایت با مخالفانش همراه شد. کار به جایی رسید که سیدجمال به ناکامی تلاشهایش در دربار ناصری معترف شد. دربار ناصری در نظرش شورهزاری آمد که پذیرای بذر اصلاحات نبود. به این باور رسید باید بر مردمان بیشتر متمرکز شود. این فرصت اما با تکفیر و اخراج از ایران از او ستانده شد. حربه تکفیر چندان کارساز شد که هنگام اخراجش از حرم عبدالعظیم حسنی، برخی ماموران دولتی به دنبال نشان غیر مسلمانی در او برآمدند. با تمام مصیبتی که در سرزمین پدری بر جسم و جانش نشست تا آنجا که هنگام اخراجش ملاحظه تن تبدارش را نکردند، از تلاش برای اصلاح و تحول در آن دست نشُست. چنانچه هنگام واگذاری امتیاز توتون و تنباکو به شرکت تالبوت بریتانیایی با نوشتن نامهای به میرزاحسن شیرازی از خطر این امتیاز برای ایرانیان نوشت. سیدجمال و میرزای شیرازی هر دو از شاگردان شیخمرتضی انصاری بودند. میرزا بر خلاف سید که پا در سفر و هجرت و تبعید داشت، در شهر سنینشین سامرا در وضعیتی شبیه انزوا به تدریس و مرجعیت مشغول بود. هر چند میرزا به سلطه خارجی حساس بود، اما از تاثیر نامه سیدجمال نیز نباید غافل شد. چنانچه برخی فتوای تحریم تنباکو را متاثر از نامه و فعالیت سید میدانند؛ فتوایی که تمام طبقات مردمان را به شورش علیه دربار کشاند.
سیدجمالالدین اسدآبادی اما وجود تجربهای که از دربار ناصری به دست آورده بود، بار دیگر به درباری دیگر رو آورد. دربار سلطانعبدالحمید، خلیفه عثمانی، مقصد نهایی سید بود. سیدجمال با اندیشه اتحاد اسلام سعی کرد آمال و اهدافش را پی بگیرد. این بار هم بذر فکر خویش را صرف شورهزاری کرد که فرجامش تراژیک بود. برخی آزادیخواهان ایرانی در داخل و خارج ایران در اتحاد اسلام با او همراه شدند. هدف سیدجمال اما با نیت سلطان عبدالحمید در تعارض بود. خلیفه عثمانی در پی سلطهای در شرق جهان اسلام بود که عثمانیها از دوره صفوی به دنبالش بودند. سید اما در پی بهره از امکانات حکومت عثمانی برای اهداف خویش بود. این تعارض نهایت آنان را به اختلاف کشاند. ترور ناصرالدین‌شاه توسط میرزارضا کرمانی که از جور قاجاری چندی به سید پناه برده بود، این اختلاف را عمیق کرد. سیدجمال متهم بود میرزا را به قتل شاه ترغیب کرده است؛ اتهامی که سید را در معرض تحویل به ایران قرار داد. سه یارش، میرزاآقاخان کرمانی، شیخاحمد روحی و خبیرالملک، به این اتهام تحویل دولت ایران داده شده و پایانی خونبار یافتند. سیدجمال هم در بیم سرنوشت مشابه یاران، بیماریاش (سرطان فک) که چندی مبتلایش بود، تشدید شد. بدین ترتیب روشنفکری که بسیاری از روشنفکران و مصلحان ایرانی از طیفهای گوناگون تبار خود را به او میرسانند، در فرجامی تراژیک از دنیا رفت.
