همه اتفاقات پرونده‌اش مثل شخصیتش پیچیده و عجیب بود. از میزان محکومیت و جریمه گرفته تا نحوه دستگیری و سرانجام آزادی. سعید مرتضوی مدتی است که از زندان آزاد شده ولی از ابتدا تا انتهای پرونده‌ او همراه با انواع عفو و بخشش‌ها سوالاتی را ایجاد کرده است.

همه اتفاقات پرونده‌اش مثل شخصیتش پیچیده و عجیب بود. از میزان محکومیت و جریمه گرفته تا نحوه دستگیری و سرانجام آزادی. سعید مرتضوی مدتی است که از زندان آزاد شده ولی از ابتدا تا انتهای پرونده‌ او همراه با انواع عفو و بخشش‌ها سوالاتی را ایجاد کرده است.
به گزارش ایسنا، دو هفته پیش و در گیر و دار عزاداری‌های دهه اول محرم بود که خبر آزادی سعید مرتضوی منتشر شد. چهارشنبه ۲۷ شهریور میرمجید طاهری وکیل مدافع اولیای دم محسن روح‌الامینی توضیحاتی را درباره آزادی مرتضوی ارائه داد و  در این باره اظهار کرد: در مراجعه‌ای که به شعبه ۲۲ دادگاه تجدیدنظر در خصوص پرونده موکلم داشتم به من گفتند که سعید مرتضوی درخواست آزادی مشروط داده است و پس از بررسی، با  درخواست او موافقت شده است. شرایطی برای آزادی مشروط مطرح است و پس از موافقت قضات و دادستانی با  درخواست سعید مرتضوی، او از زندان آزاد شده است.
در اردیبهشت ۹۷ دادسرای عمومی و انقلاب تهران در اطلاعیه‌ای اعلام کرد که سعید مرتضوی دادستان سابق تهران که به دو سال حبس قطعی محکوم شده، دوم اردیبهشت  توسط مامورین پلیس دستگیر و بعد از ظهر همان روز جهت تحمل محکومیت حبس به زندان اوین تحویل شده است. این اتفاقات در حالی افتاد که عده‌ای از فرار و مخفی شدن مرتضوی سخن می‌گفتند اما سرانجام دادستان پیشین روانه زندان اوین شد تا محکومیت خود را پشت سر بگذارد. سرانجام مرتضوی بعد از گذراندن کمتر از ۱۷ ماه از ۲۴ ماه محکومیتش از زندان آزاد شد.
بر اساس ماده ۸۵ قانون مجازات اسلامی، زندانی با احراز شرایطی می‌تواند بعد از گذشتن دو سوم از دوران محکومیت خود، آزاد شود. 
ماده ۵۸ قانون مجازات اسلامی می‌گوید: «در مورد محکومیت به حبس تعزیری، دادگاه صادرکننده حکم می‌تواند در مورد محکومان به حبس بیش از ۱۰ سال پس از تحمل نصف و در سایر موارد پس از تحمل یک‌سوم مدت مجازات به پیشنهاد دادستان یا قاضی اجرای احکام با رعایت شرایطی حکم به آزادی مشروط را صادر کند؛ الف- محکوم در مدت اجرای مجازات همواره از خود حسن اخلاق و رفتار نشان دهد.
ب- حالات و رفتار محکوم نشان دهد که پس از آزادی، دیگر مرتکب جرمی نمی‌شود. پ- به تشخیص دادگاه محکوم تا آنجا که استطاعت دارد ضرر و زیان مورد حکم یا مورد موافقت مدعی خصوصی را بپردازد یا قراری برای پرداخت آن ترتیب دهد. ت- محکوم پیش از آن از آزادی مشروط استفاده نکرده باشد.
انقضای مواعد فوق و همچنین مراتب مذکور در بندهای (الف) و (ب) این ماده پس از گزارش رئیس زندان محل به تأیید قاضی اجرای احکام می‌رسد. قاضی اجرای احکام موظف است مواعد مقرر و وضعیت زندانی را درباره تحقق شرایط مذکور بررسی و در صورت احراز آن، پیشنهاد آزادی مشروط را به دادگاه تقدیم نماید.»
بخشش باقی دوران محکومیت مرتضوی تنها نرمش در قبال او نبود. دادستان سابق تهران و مدیرعامل وقت سازمان تامین اجتماعی در دو پرونده «کهریزک» و «تامین اجتماعی» دارای اتهامات متعدد بود. پرونده وی در خصوص سازمان تامین اجتماعی دو بخش داشت. پرونده نخست مرتضوی در رابطه با حادثه کهریزک و پیرامون قتل‌هایی بود که شکات خصوصی شکایت کردند، دادگاه قتل عمد تشخیص داد و مباشرین را محکوم کرد، اما چون رضایت دادند، قصاص انجام نشد و از باب جنبه عمومی تحمل کیفر کردند. این اولین جایی بود که مرتضوی با رضایت اولیای دم توانست از مجازات جان سالم به در برد.
البته مرتضوی در این پرونده به اتهام معاونت در قتل عمد به ۵ سال حبس محکوم شد اما شعبه ۲۲ دادگاه تجدیدنظر به دلیل اظهار ندامت او، حکم حبسش را به دو سال تقلیل داد. تا باز هم تمامی محکومیتی را که برای او تعیین شده بود آن هم با یک ابراز ندامت طی نکند. سوال اینجاست که آیا دیگر محکومان هم با ابراز ندامت می‌توانند امید به کم شدن محکومیتشان داشته باشند یا مرتضوی تافته جدا بافته بوده است. نگاهی به برخی از پرونده‌های قضایی نشان می‌دهد که استفاده از گزینه ابراز ندامت چندان هم برای دیگر متهمان کارساز نبوده است.
پرونده دیگر مرتضوی درباره سازمان تامین اجتماعی و رای دیوان عدالت اداری بود. بحث این بود که مرتضوی در آن مقطع می‌تواند به عنوان رییس سازمان باشد یا خیر. این پرونده در دادگاه رسیدگی شد که دادگاه بدوی به مجرمیت و شش ماه حبس رای داد، اما دادگاه تجدیدنظر نپذیرفت و وی را از این اتهام تبرئه کرد. در اینجا هم باز رایی علیه مرتضوی صادر اما در تجدید نظر رد شد تا او همچنان مصون بماند.
بخش دیگری از پرونده سازمان تامین اجتماعی مربوط به موضوع تحقیق و تفحص از این سازمان و اتهام تصرف غیرقانونی در اموال دولتی برای سعید مرتضوی بود که مرتضوی در این پرونده به ۷۰ ضربه شلاق محکوم شد اما نهایتاً در ۱۳ اسفند ۹۷ مصطفی ترک‌همدانی وکیل مدافع تعدادی از کارگران تأمین اجتماعی از بخشیده شدن مجازات شلاق سعید مرتضوی خبر داد و گفت که این بخشش با توجه به عفو عمومی صورت گرفته است. البته در ۲۲ بهمن ۹۷ و مصادف با چهلمین سال پیروزی انقلاب اسلامی با پیشنهاد رییس قوه‌قضاییه شرایط عفو هر ساله که همزمان با دهه فجر انجام می‌شد، به گزینه‌هایی بیشتری بسط پیدا کرد تا افراد بیشتری را شامل شود اما اینکه یک نفر در هر چهار حکم مختلفی که برای او صادر شده با انواع و اقسام بند و تبصره‌ها شامل عفو و کم شدن مجازات شود برای بسیاری از مردم این سوال را به وجود آورده که آیا در قوه‌قضاییه عده‌ای می‌توانند مصونیت آهنین داشته باشند؟
در نهایت هم که مرتضوی بالاخره برای گذراندن حکم دو سال حبس خود به زندان منتقل شد اما به دلیل آن‌چه حسن رفتار خوانده شد بعد از گذراندن کمتر از ۱۷ ماه از زندان بیرون آمد آن هم در شرایطی که در طول دورانی که باید در زندان می‌بود عکس‌هایی از او در مراسم مختلف منتشر می‌شد که حاکی از مرخصی به وی بود مثل عکس‌های او در مراسم تاسوعا و عاشورای سال ۹۷ که واکنش های منفی زیادی را برانگیخت هر چند گفته شد که مرتضوی پس از مرخصی چهار روزه خود به زندان باز گشته است. به هر حال مرتضوی برای بار پنجم عفوی شامل حالش شد که هر چند ماده قانونی آن وجود دارد اما برای همه متهمان و محکومان اعمال نمی‌شود در حالی که در همین سال‌ها برخی از کسانی که برای جرایمی که آنقدرها هم مثل مرتضوی باعث جریحه‌دار شدن احساسات مردم نشده‌اند حتی اجازه ملاقات یا تماس با بستگان را پیدا نکرده‌اند.
شاید از رییس قوه‌قضاییه که حضورش در این قوه به بیش از یک نیم سال رسیده بتوان این توقع را داشت با توجه به وعده‌هایی که برای مقابله با فساد و اجرای عدالت داده از یک طرف جلوی مصونیت آهنین برخی افراد را بگیرد و از سوی دیگر حامی کارگران و معلمان و بسیاری از افرادی که تنها اعتراضات صنفی داشته‌اند باشد و اجازه ندهد حقوق این افراد هم پایمال شود.