نایب رییس مجلس شورای اسلامی با اشاره به ترور استاد مطهری، بیان کرد: به عقیده من در مورد ایشان کوتاهی شده است. در آن زمان به غیر از استاد مطهری فردی مورد تهدید نبود، چرا که ایشان در خصوص "فرقان" ، "کمونیست‌ها" و "مجاهدین" موضع صریحی را بیان‌ می‌کردند و روشن بود که به سراغ ایشان می‌آیند.

نایب رییس مجلس شورای اسلامی با اشاره به ترور استاد مطهری، بیان کرد: به عقیده من در مورد ایشان کوتاهی شده است. در آن زمان به غیر از استاد مطهری فردی مورد تهدید نبود، چرا که ایشان در خصوص "فرقان" ، "کمونیست‌ها" و "مجاهدین" موضع صریحی را بیان‌ می‌کردند و روشن بود که به سراغ ایشان می‌آیند.
به گزارش ايسنا، علی مطهری در همایش ملی استاد مطهری و مطالعات قرآنی معاصر که امروز در پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات فرهنگی برگزار شد، گفت‌: از برگزاری این همایش تشکر می‌کنم؛ چرا که این همایش به یک بعد کمتر دیده شده از تفکرات شهید مطهری توجه کرده است. در این فرصت بررسی می‌کنیم که روش‌های فکری شهید مطهری در بین روش‌های فکری اسلامی که به معنی عام رنگ فلسفی دارند، در کدام جا قرار دارند.
وی افزود: روش‌های فکری اسلامی که البته جنبه فلسفی داشته باشند و توام با نگاه جهان بینی باشد، در چند روش مورد توجه قرار می‌گیرد. نخست فلسفه مشائی که روش استدلالی است. دوم، فلسفه اشراق که همراه با استدلال شهود توجه به قلب است. شوم، روش عرفانی که نیز بر شهود و اشراق و توجه به قلب تاکید دارد و چهارم روشی که روش استدلالی است و در حوزه اصول دین متعهد در دفاع از این اصول‌ها است.
مطهری ادامه داد: این چهار روش در حکمت متعالی ملاصدرا به هم می رسند. حکمت متعالی وی مانند یک نقطه تلاقی برای این چهار روش است. ملاصدرا تلاش می‌کند که قرآن و احادیث را به روش و تفکرات خود اضافه کند. قرآن، عرفان و برهان در حکمت او با هم هماهنگ هستند و با هم تلاقی پیدا می‌کنند. قطعا روش فکری و فلسفی شهید مطهری نیز همین روش حکمت متعالیه است که در آن قرآن جایگاه ویژه‌ای دارد.
نایب رییس مجلس شورای اسلامی در بخش دیگری از صحبت‌های خود، با اشاره به ویژگی‌های تفکری و مطالعاتی شهید مطهری، تاکید کرد: شهید مطهری هیچ گاه فلسفه زده نشد و از تعصب فرقه‌ای و تعصب گروهی پیروی نکرد. ایشان هیچ گاه عرفان زده و کلام زده نشدند، چرا که روح علمی داشتند و به دنبال کشف حقیقت بودند، البته ایشان به برخی از فلاسفه مانند ملاصدرا انتقاداتی را وارد می دانستند. ایشان معتقد بودند که هنگامی که فلاسفه وارد تفسیر قرآن می‌شوند نمی‌توانند از قالب فلسفه خارج شوند و باز از جوهر، عرض استفاده می‌کنند.
مطهری بیان‌ کرد: تمامی مباحث شهید مطهری به قرآن ختم می‌شود. ایشان در تمامی مباحث خود به دنبال استناد از قرآن هستند. مانند بحث توحید و معاد، ایشان ضمن این که استدلال‌ها را بیان‌ می‌کنند در پایان موارد را به قرآن مستند می دانند. در بحث تاریخی نیز وقتی تاریخ را مادی عنوان می‌کنند در نهایت به قرآن استناد می‌شود. در مساله عترت و قرآن از افراطیون شیعه و سنی انتقاد می‌کنند و این دو مهم یعنی قرآن و عترت را مکمل و همراه هم می دانند.  ایشان تاکید دارند که برخی از حدیث ثقلین درک انحرافی دارند، چرا که از این حدیث نتیجه‌ می‌گیرند که صرفا باید به کتاب خدا و عترت احترام گذاشت. در حالی که مقصود صرف احترام گذاشتن نیست،‌ بلکه این دو باید در کنار هم و مکمل هم و مبنای عمل باشند.
وی ادامه‌ داد: حتما تفسیرهای قرآنی شهید مطهری را ملاحظه کرده‌اید، ایشان سبک مخصوص به خود را دارند. شاید اشکال از ما باشد که این تفاسیر را به عنوان آشنایی با قرآن مطرح کردیم؛ البته شاید این احتیاط مورد نظر بوده ، هنگامی که خود ایشان حضور ندارند شاید عنوان تفسیر صحیح نباشد، ولی در واقع این مباحث از سوی ایشان تفسیر قرآن است. نگاه استاد مطهری به قرآن قابل توجه است. از مباحث ایشان مشهود است که استاد قرآن را با ادارک و درک درونی احساس می‌کنند و با درک درونی آن را لمس می‌کنند که "قرآن معجزه " است. ایشان از ته دل معتقد هستند که "قرآن آیت است و امری غیر بشری" است. البته شهید مطهری به کلمه "معجزه" نیز انتقاداتی را وارد می دانند. اگر ما معجزه را عاجز کننده بدانیم، آن وقت خیلی از مصادیق معجزه خواهند بود. برای مثال یک ورزشکار هنگامی که در رشته ورزشی خود  رکورد شکنی می‌کند، دیگران را از رسیدن به این رکورد عاجز کرده و می‌تواند بگوید من معجزه کردم! تعبیر قرآن "آیت و نشانه" است. امری که  فراتر از قوانین طبیعی و خارج از اختیار و اراده بشر است.
نایب رییس مجلس شورای اسلامی در بخش دیگری از اظهاراتش، عنوان کرد: شهید مطهری جنبه‌های اعجازی قرآن را در دو بخش الفاظ و معانی مورد توجه قرار می‌دهند. "الفاظ "همان فصاحت بلاغت و زیبایی و "معنا" همان قواعد علمی قرآن است. هنگامی که به قرآن مراجعه می‌کنیم و منشاء لغزش‌های فکری را مورد بررسی قرار می‌دهیم، شاهد این هستیم که تمامی این موارد لغزشی در دو قرن اخیر توسط برخی از دانشمندان اروپایی ذکر شده است. در حالی که خیلی پیش‌تر از آن این موارد در قرآن مورد تاکید بوده است. قرآن پیروی از گمان را یکی از منشاءهای خطای ذهن می داند. شهید مطهری می‌گوید غیر از توحید و معاد آن چه که میان تمامی پیامبران مشترک است، مساله "نهی تقلید از گذشتگان "یکی دیگر از مولفه‌های لغزش تفکری است. سرعت در قضاوت یکی دیگر از این مولفه‌ها است. یعنی قبل از داشتن علم کافی قضاوت کنیم. هوای نفس نیز یکی دیگر از این موارد است یا برای مثال پیروی از بزرگان یعنی این که بگوییم چون ارسطو چنین بحثی را داشته است ما همان را قبول می‌کنیم و چون یک نام چشم پر کن دارد تحت تاثیر آن قرار می گیریم و دیگر به دنبال حقیقت نمی رویم.
وی افزود: بنابراین ما باید از این مولفه‌های لغزش تفکری بپرهیزیم. شهید مطهری تاکید داشتند که تمامی این موارد که از سوی دانشمندان دو قرن اخیر مورد اشاره بوده خیلی پیش تر در قرآن مورد تاکید قرار گرفته است. پس نمی‌توان  گفت‌ که قرآن خود ساخته است. خود شهید مطهری در این باره می‌گویند که میان کلمات قرآن و پیامبر تفاوت وجود دارد.
علی مطهری با اشاره به سالروز شهادت مطهری هنگامی که چشمانش از یادآوری خاطرات پدر گریان شده بود، در ‌عین ‌حال خاطرنشان کرد: ایشان شب دوازدهم اردیبهشت ماه به شهادت رسیدند. حالتی که ایشان در آن روز آخر داشتند برایم جالب بود. در آن زمان من دانشجوی رشته مکانیک دانشگاه تبریز بودم. روز دوشنبه هنگامی که صدای ایشان را از رادیو شنیدم، به دلم افتاد که به تهران بروم و ایشان را زیارت کنم، در حالی که قرار گذاشته بودم دو هفته‌ بعد به تهران باز گردم، ولی احساس کردم که باید در همان روز به تهران باز گردم. سوار اتوبوس شدم و به سمت تهران حرکت کردم. ساعت شش صبح بود که به منزل رسیدم که ایشان را در حالت کتابت مقدمه کتاب "مساله حجاب" دیدم.
نایب رییس مجلس شورای اسلامی در ادامه اظهاراتش، یادآور شد: بر سر سفره ناهار که آقای علی لاریجانی هم حضور داشتند نشسته بودیم. آن روز شهید مطهری خیلی شاد بودند و شادی ایشان کمی غیر طبیعی بود. من به شهید مطهری گفتم که شنیده ام آقای بازرگان گوشه و کنایه‌هایی نسبت به امام خمینی (ره) گفته‌اند. ایشان بیان‌ کردند که امام هم خیلی از ایشان رضایت ندارد و قصد داریم دولت ایشان را کنار بگذاریم و دولتی انقلابی را بر سر کار بیاوریم. قرار بود شب ایشان را به منزل آقای سحابی ببرم. بر خلاف این که در برخی از رسانه‌ها مطرح می‌شود آن جلسه، جلسه شورای انقلاب بود، جلسه بیشتر جلسه تفکری بود. این دسته از جلسات معمولا با حضور آقای بازرگان و آقای سحابی برگزار می‌شد و بیشتر جنبه تفکری داشت.
وی ادامه داد: آن شب ایشان حال عجیبی داشتند، گویا برایشان روشن شده بود که قرار است برایشان اتفاقی رخ دهد. به عقیده من در مورد ایشان کوتاهی شده است. در آن زمان به غیر از استاد مطهری فردی مورد تهدید نبود، چرا که ایشان در خصوص "فرقان" ، "کمونیست‌ها" و "مجاهدین" موضع صریحی را بیان‌ می‌کردند و روشن بود که به سراغ ایشان می آیند. ایشان خود فرموده بودند که به سراغ من می آیند ، چرا که بعد از ترور قرنی گفته بودند که می‌خواهند به سراغ دو روحانی بروند و این مساله روشن بود که به سراغ ایشان می آیند. به نظر من از طرف ما، شاگردانشان، یارانشان و همه دوستانشان در این خصوص کوتاهی شد. در آن زمان شهید بهشتی هنوز معتقد بودند و بیان‌ می‌کردند که به مجاهدین در دولت موقت پست بدهیم تا دهانشان بسته شود و دو سال بعد به حرف استاد مطهری رسیدند. به نظر من درباره شهید مطهری کوتاهی شد. به‌ هر حال این تقدیری بود که خداوند متعال مقدر کرده بود.